长江航运公安局由公安部治安局领导。长江航运公安局所属公安机构由长江航运公安局统一垂直管理。

　　职能如下：

　　①贯彻执行国家有关法律法规和公安部、交通部有关公安保卫工作方针、政策;

　　②负责实施长江中央管理水域治安行政管理工作，查处治安案件，维护治安程序，保障客货运输安全;

　　③负责侦破发生在长江中央管理水域的各类刑事案件，预防、制止和打击各类刑事犯罪活动;

　　④负责长江中央管理水域水上设施、船闸和客运、货运船舶治安保卫工作;负责反恐怖、反劫船等工作，处置突发性事件;

　　⑤负责长江中央管理水域航行、停泊、作业的中外民用船舶、水上设施、趸船、码头的消防监督管理工作：

　　⑥负责长江中央管理水域外籍船舶、船员、旅客等出入境管理工作，查处涉外案件;

　　⑦负责长江中央管理水域的警卫工作;

　　⑧负责长江航运公安机关党的建设和队伍建设;

　　⑨承办上级交办的其他工作。