B【解析】此题选择属于趋同适应的选项，关键词为“亲缘关系很远甚至完全不同”、“相似环境”、“在多方面表现出相似性”。A选项豆根牧草与固氮根瘤菌属于共生关系，共同合成含氮化合物，而不是这两种生物在某些方面如外貌形态、内部结构等表现出相似性，不符合定义，排除;B选项中青蛙、鳄鱼、河马属于不同的类群，因生活环境相似，都是生活在水中，从而表现出相同的生理特征“鼻孔和眼睛都生长在头部上方”，符合定义;C选项中黑核桃树会导致树下几乎没有草本植物，不符合与其他类群在多方面表现出相似性，排除;D选项河洼地的牧草鸭茅与碎石堆的牧草鸭茅表现出不同的特征，是同种生物在不同环境中的表现，不符合定义，排除。故本题选择B选项。